FaRkLaR Sözlük
Bağlaçlarda ile ve değil yerine < > <> >< | | = : + ya da hem de ne yazık ki

Dillerde İng. Alm. Fr. İt. İsp. Lûgat Ar. Fars. Lat. Yun. Hintçe Çince

Öncelikliler İnsan Dil Hayvanlar Ürünler Hizmetler Görseli Olanlar
Fark Öner

DNA  ve/||/<>/>  DİZİLEME YÖNTEMLERİ  



(

DNA Dizileme Yöntemleri

Yöntem İlke Nasıl Çalışır? Artıları Eksileri
Sanger Dizileme
(1977)(Frederick Sanger ve takımı)		 Zincir sonlandırma yöntemi; dideoksinükleotidlerin kullanımı ile DNA sentezinin durdurulması.
  • Tek zincirli bir DNA molekülü çoğaltılır.
  • DNA polimeraz enzimi, nükleotidleri diziyi tamamlamak için ekler.
  • Dideoksinükleotidler (ddNTPs), DNA sentezini durdurur ve farklı uzunluklarda DNA parçaları oluşur.
  • Parçalar jel elektroforezi ya da kapiler elektroforez ile ayrıştırılır.
  • Parçaların boyutuna göre dizilim belirlenir.
  • Yüksek doğruluk.
  • Uzun okuma uzunluğu (~800-1000 baz çifti).
  • Küçük ölçekli projeler için ideal.
  • Yavaş ve maliyetli.
  • Büyük ölçekli genom projelerine uygun değil.
Illumina Dizileme Reversible terminator yöntemi; flüoresan işaretli nükleotidlerin eklenmesi ve kamera ile sinyal kaydı.
  • DNA küçük parçalara bölünür ve adaptörler eklenir.
  • Parçalar cam yüzeyde çoğaltılır (klonal amplifikasyon).
  • Flüoresan işaretli nükleotidler sırayla eklenir ve her adımda kamera ile sinyal kaydedilir.
  • Yüksek doğruluk.
  • Yüksek veri çıktısı.
  • Genom ölçekli dizileme için uygun.
  • Kısa okuma uzunluğu (~150-300 baz çifti).
  • Veri çözümlemesi için güçlü yazılımlar gerekir.
PacBio (SMRT) Dizileme Tek molekül üzerinden gerçek zamanlı dizileme; flüoresan işaretli nükleotidlerin polimeraz etkinliğiyle izlenmesi.
  • DNA polimeraz, DNA'yı doğal ortamında kopyalar.
  • Flüoresan işaretli nükleotidler kullanılır.
  • Okuma, polimeraz etkinliğinin anında kaydedilmesiyle yapılır.
  • Uzun okuma uzunluğu (~10-15 kilobaz ya da daha fazla).
  • Epigenetik modifikasyonların doğrudan tespiti.
  • Yüksek hata oranı (biyoinformatik düzeltme gereklidir).
  • Maliyetlidir.
Oxford Nanopore Dizileme DNA'nın nanoporlardan geçirilmesi sırasında elektriksel sinyal değişikliklerinin kaydedilmesi.
  • DNA molekülü nanopordan geçerken her baz farklı bir elektrik sinyali üretir.
  • Sinyaller çözümlenerek dizilim oluşturulur.
  • Çok uzun okuma uzunlukları (milyon baz çiftine kadar).
  • Taşınabilir araçlarla hızlı dizileme.
  • Gerçek zamanlı çözümleme olanağı.
  • Daha düşük doğruluk (öğrenme algoritmaları ile düzeltilir).
  • Yüksek başlangıç maliyeti.

Sanger Dizileme ve Yeni Kuşak Dizileme Karşılaştırması

Özellik Sanger Dizileme Yeni Kuşak Dizileme (NGS)
Hız Yavaş Çok hızlı
Doğruluk Yüksek Yüksek (bazı platformlarda daha düşük olabilir)
Okuma Uzunluğu ~800-1000 baz çifti ~150-15.000+ baz çifti (platforma bağlı)
Kapasite Küçük ölçekli projeler için uygun Tüm genom projeleri için uygun
Maliyet Büyük projeler için daha yüksek maliyet Büyük projelerde daha düşük maliyet
Kullanım Alanı Gen doğrulama, küçük gen bölgeleri Genomik çözümleme, transkriptom, epigenom
)
FaRkLaR Kılavuzu 09.01.2025 [01:41]


Beğen/Katıl/Takip Et...
Instagram sayfamız... Whatsapp... Twitter sayfamız... Facebook Beğen sayfamız...
[ Okuyucu/Araştırmacı ... ]
Şu an: 1 | Bugün: 6399
imece
image [Tasarım | Programlama | Sunucu]