DİRİMBİLİM ve/||/<>/> EVRİM
(
)
Moleküler Evrimde Kullanılan Dirimbilisel(Biyoenformatik) Araçlar
Nükleotid Dizi Veritabanları
| Veritabanı | Bilgi | Erişim Bağlantısı |
|---|---|---|
| NCBI | NCBI, biyoteknoloji ve biyotıp ile ilgili bir dizi veritabanı içerir. Biyoenformatik araçları ve hizmetleri için önemli bir kaynaktır. | https://www.ncbi.nlm.nih.gov |
| EMBL | Avrupa Moleküler Biyoloji Laboratuvarı (EMBL) Nükleotid Dizisi Veritabanı, Avrupa Biyoenformatik Enstitüsü'nde (EBI) tutulan kapsamlı bir birincil nükleotid dizileri koleksiyonudur. Veriler, genom dizileme merkezlerinden, bireysel bilim insanlarından ve patent ofislerinden alınır. | https://www.embl.org |
| DDBJ | DDBJ (DNA Databank of Japan) Japonya Bilgi Biyolojisi Merkezi tarafından organize bir birincil nükleotid dizi veritabanıdır. | https://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html |
| GenBank | NCBI’nin birincil veritabanları arasındadır. Farklı kaynaklardan toplanan nükleotid ve aminoasit dizi koleksiyonlarını içerir. Bu veritabanı, belli bir dizi bilgisini türünün aranmasını ve kullanımını kolaylaştırmak için dizi bilgilerini farklı şekillerde düzenlemeye izin veren şekilde kategorize edilmiştir. | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank |
| OMIM | OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man Database) insanda tanımlanan genlerin ve genetik hastalıklarla ilgili fenotipleri içeren kapsamlı bir veritabanıdır. | https://www.omim.org |
| Entrez Moleküler Dizi Veritabanı | Entrez, nükleotid ve protein dizisi verilerine, gen merkezi ve genomik haritalama bilgilerine, 3D yapı verilerine, PubMed MEDLINE’a ve daha fazlasına entegrasyon sağlayan bir moleküler biyoloji veri tabanı sistemidir. | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Search/entrezfs.html |
| Homologene | Tamamı dizilenmiş ökaryotik genomlarda anotasyonu tamamlanmış genlerin diğer organizmalardaki homologlarının otomatik olarak bulunmasını sağlayan bir araçtır. | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/homologene |
| NCBI RefSeq | Genomik DNA, transkriptler ve protein dizi setlerini içeren ve tekrar olmayan, entegre ve kapsamlı dizi koleksiyonunu içeren bir veritabanıdır. | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq |
Protein Veritabanları
| Veritabanı | Bilgi | Erişim Bağlantısı |
|---|---|---|
| UniProt/Swiss-Prot | Protein dizi ve işlev bilgilerine erişim sağlayan bir veritabanıdır. Proteinleri ailelere, domenlere ve korunmuş bölgelere göre sınıflandırarak işlevsel analizini sağlayan veritabanıdır. | https://www.uniprot.org |
| InterPro | Hangi genlerin/proteinlerin hangi kategoriler altında ifade edildiğini ve ekspresyonlarının hangi koşullarda farklılık gösterdiğini gösteren veritabanıdır. | https://www.ebi.ac.uk/interpro/home |
| Expression Atlas | Kütle spektrometresiyle belirlenmiş protein ekspresyon verilerinden oluşan bir arşivdir. | https://www.ebi.ac.uk/pride |
Genom Tarayıcıları
| Veritabanı | Bilgi | Erişim Bağlantısı |
|---|---|---|
| Genome Data Viewer (GDV) | Harita Görüntüleyici, organizmaların tüm genomlarının ve kromozom haritalarının görüntülenmesini sağlar. | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv |
| Ensembl | Referans genom anotasyonlarına erişim sağlayan bir genom tarayıcısı, API ve veritabanıdır. | https://www.ensembl.org |
| UCSC Genome Browser | UCSC (University of California Santa Cruz) Genom Browser genom dizi bilgilerini içeren bir veritabanıdır. | |
| VEGA Genome Browser | VEGA (Vertebrate Genome Annotation) genom tarayıcısı Ensembl veritabanı üzerine kurulmuştur. Ensembl ve VEGA arasındaki fark, Ensembl'in çok sayıda omurgalı ve omurgasız türü için hesaplamalı olarak seçilmiş ("computationally curated") dizilerin görüntülenebilmesi, VEGA veritabanının ise dizilemesi tamamlanan omurgalı genomik dizilerinin yüksek kaliteli manuel anotasyonlarını içermesidir. | http://vega.archive.ensembl.org |
FaRkLaR Kılavuzu 27.12.2024 [14:28]
(
)
Gen Ekspresyon Veritabanları
| Veritabanı | Bilgi | Erişim Bağlantısı |
|---|---|---|
| Gene Expression Omnibus (GEO) Database | GEO, MIAME (Minimum Information About a Microarray Experiment) uyumlu mikro dizi verilerini, yeni nesil dizileme verilerini ve bilimsel topluluk tarafından sunulan diğer yüksek verimli fonksiyonel genomik veri biçimlerini arşivleyen ve serbestçe dağıtan halka açık bir veritabanıdır. | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo |
| ArrayTrack Database | ABD Gıda ve İlaç İdaresi’nde mikroarray gen ekspresyon verilerinin halka açık bir veritabanıdır. ArrayTrack, mikroarray gen ekspresyonu verilerini ve farmakogenomik veya toksikogenomik çalışmalarla ilişkili deneysel parametreleri yönetmek, analiz etmek ve yorumlamak için entegre bir çözüm sunmaktadır. İlaçların veya diğer kimyasalların gen ekspresyonu üzerindeki etkileri üzerine çalışmalar için uygundur. ArrayTrack, MIAME uyumlu verileri desteklemektedir. | https://www.fda.gov/science-research/bioinformatics-tools/arraytrack-hca-pca-standalone-package-powerful-data-exploring-tools |
Dizi Benzerliği Arama Uygulamaları
| Veritabanı | Bilgi | Erişim Bağlantısı |
|---|---|---|
| NCBI BLAST+ | Protein dizisi veritabanları için hızlı yerel benzerlik arama aracıdır. Novel dizilerin yapısı ve işlevi hakkında fonksiyonel ve evrimsel ipucu verecek dizi benzerlik bölgelerinin bulunmasında kullanılmaktadır. | https://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/ncbiBlast |
| FASTA | FASTA nükleotid ya da protein veritabanlarını bir sorgu dizisiyle aramak için kullanılan bir program paketidir. | https://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/fasta |
FaRkLaR Kılavuzu 27.12.2024 [14:32]
(
)
Protein ve Genom Veritabanları
| Veritabanı Adı | Açıklama | Erişim Bağlantısı |
|---|---|---|
| Protein Veritabanları |
|
|
| Genom Tarayıcıları |
|
FaRkLaR Kılavuzu 27.12.2024 [14:36]
(
)
Çoklu Dizi Hizalama Araçları
| Araç Adı | Açıklama | Erişim Bağlantısı |
|---|---|---|
| BLAST | Protein, nükleotid veya protein dizileriyle karşılaştırma ve eşleşmelerin istatistiksel olarak önemsizliğini hesaplar. | https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi |
| CLUSTAL OMEGA | DNA ve protein dizilerinin çoklu dizi hizalamasında kullanılan araştırma aracı. | https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo |
| KALIGN | Binlerce protein veya nükleotid dizisini hizalayabilen çoklu dizi hizalama programı. | |
| T-COFFEE | Birden çok hizalama yöntemiyle elde edilen sonuçların birleştirilmesini sağlar. | https://tcoffee.crg.eu/apps/tcoffee |
| MAFFT | Aminoasit veya nükleotid dizilerinin çoklu dizi hizalamalarını yüksek hızda gerçekleştirebilen bir programdır. | https://mafft.cbrc.jp/alignment/server |
| LALIGN | Protein veya nükleotid dizilerindeki kesişmeyen yerel hizalamalarının hesaplanmasıyla duplikasyonların bulunmasını sağlar. | https://fastademo.bioch.virginia.edu/fasta_www2/fasta_www.cgi?im=lalign |
| PIR SEARCH | Genomik ve proteomik araştırmalar için tasarlanmış bir protein bilgi kaynağıdır. | https://fermi.utmb.edu/cgi-bin/SDAP/sdap_10?dB_Type=0&allid=18&seqid=15&serverid=4 |
| MUSCLE | Protein ve nükleotid dizileri için çoklu hizalama aracıdır. | https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle |
Veri Formatı Dönüştürme Servisleri
| Araç | Açıklama | Erişim Bağlantısı |
|---|---|---|
| Readseq | Belirli bir dizi formatını, dizi analizinde veya filogenetik analizde kullanılan yaygın dizi formatlarından herhangi birine dönüştürmek için kullanılan web tabanlı dizi dosyası biçimlendirme aracıdır. | https://www.ebi.ac.uk/Tools/sfc/readseq |
| Segret (EMBOSS) | Dizi formatı dönüştürme aracıdır. DNA, RNA veya protein dizilerini desteklenen dizi formatlarına (FASTA, EMBL, PDB, GENBANK, REFSEQ, FASTA, ACE, GFF, Ensembl SQL gibi) dönüştürür. | https://www.ebi.ac.uk/Tools/sfc/emboss_seqret |
| EMBOSS backtranambig | Bir protein dizisinin belirsiz nükleotid dizisine geri çevrilmesi için kullanılan araçtır. | https://www.ebi.ac.uk/Tools/su/emboss_backtranambig |
| EMBOSS backtranseq | Kodon frekanslarını kullanarak bir protein dizisini nükleotid dizisine geri çevrilmesi için kullanılan araçtır. | https://www.ebi.ac.uk/Tools/su/emboss_backtranseq |
| EMBOSS cpgplot | Nükleotid dizilerindeki potansiyel CpG adalarının tanımlanmasında kullanılır. | https://www.ebi.ac.uk/Tools/seqstats/emboss_cpgplot |
Anotasyon ve Tahmin Araçları
| Veritabanı | Bilgi | Erişim Bağlantısı |
|---|---|---|
| EFO (Experimental Factor Ontology) | EFO, EBI veritabanlarında ve GWAS katalogu gibi projelerde bulunan birçok deneysel değişkenin sistematik bir tanımını sağlar. | https://www.ebi.ac.uk/efo |
| HAVANA (Human and Vertebrate Analysis and Annotation) | İngiltere'deki Wellcome Trust Sanger Enstitüsü'nün HAVANA grubu, VEGA tarayıcısında görünen insan, fare, zebra balığı ve diğer omurgalı genomlarının manuel anotasyonunu sağlamaktadır. | https://www.sanger.ac.uk/project/manual-annotation |
Yolak Haritalama ve Moleküler Etkileşim Veritabanları
| Veritabanı | Bilgi | Erişim Bağlantısı |
|---|---|---|
| Reactome | Yolak bilgilerinin görselleştirilerek sunulduğu açık kaynaklı ve hakemli bir veritabanıdır. | https://reactome.org |
| KEGG | Moleküler etkileşim ağlarını gösteren yolak haritalarını içerir. | https://www.genome.jp/kegg/pathway.html |
FaRkLaR Kılavuzu 27.12.2024 [14:54]
(
)
Durum Varsayımı Dönüştürme
| Veritabanı | Bilgi | Erişim Bağlantısı |
|---|---|---|
| EMBOSS | Protein ve nükleotit dizileriyle ilgili çeşitli dönüştürme işlemleri yapar. (Örn: FASTA formatına çevirme, ters çevirme) | https://www.ebi.ac.uk/Tools/emboss |
| EMBOSS backtranseq | Kodon kullanım frekanslarını kullanarak bir protein dizisini nükleotid dizisine geri çevirmek için kullanılan araçtır. | https://www.ebi.ac.uk/Tools/emboss |
| EMBOSS cpgplot | Nükleotid dizilerindeki potansiyel CG adalarının tanımlanmasında kullanılır. | https://www.ebi.ac.uk/Tools/seqstats/emboss_cpgplot |
| EFO (Experimental Factor Ontology) | EFO, EBI veritabanlarında ve GWAS katalogu gibi projelerde bulunan çok sayıda deneysel değişkenin sistematik bir tanımını sağlar. | https://www.ebi.ac.uk/efo |
| HAVANA (Human and Vertebrate Analysis and Annotation) | İngiltere'deki Wellcome Trust Sanger Enstitüsü'nün HAVANA grubu, VEGA tarayıcısında görünen insan, fare, zebra balığı ve diğer omurgal genomlarının manuel anotasyonunu sağlamaktadır. | https://www.sanger.ac.uk/projects/manual-annotation |
| Reactome | Yolak bilgilerinin görselleştirilerek sunulduğu açık kaynaklı ve hakemli bir veritabanıdır. | https://reactome.org |
| KEGG | Moleküler etkileşim ağlarını gösteren yolak haritalarını içerir. | https://www.genome.jp/kegg/pathway.html |
FaRkLaR Kılavuzu 27.12.2024 [14:43]
(
)
Yazılımlar
| Yazılım | Bilgi | Erişim Bağlantısı |
|---|---|---|
| PHYLIP (Phylogeny Inference Package) | Parsimoni, mesafe matrisi, benzerlik ve olasılık yöntemleri gibi çok sayıda farklı çözümleme yapabilen filogenetik bir analiz paketidir. DNA ve protein dizileri, gen dizileri, kesim bölgeleri, uzaklık matrisler gibi farklı veri tiplerini içerir. | https://evolution.genetics.washington.edu/pbylip.html |
| ADMIXtools | Popülasyon genetiği analizleri için kullanılan R temelli yazılımdır. | https://github.com/DReichl/AdmixTools |
| HyPhy (Hypothesis Testing Using Phylogenies) | Filogenetik, moleküler evrim ve makine öğrenimi tekniklerini kullanarak genetik dizi analizlerine olanak sağlayan açık kaynaklı bir yazılım paketidir. | https://www.hyphy.org |
| MEGA | MEGA, organizmaların moleküler düzeyde evrimsel analizi için sıklıkla kullanılan bir yazılım paketidir. Evrimsel analizler için çeşitli yöntem ve programlan içerir. | https://www.megasoftware.net |
| PALEOMIX | aDNA çalışmalarında yeni nesil dizileme verilerinin işlenmesinde ve filogenetik haritaların oluşturulmasında kullanılır. | https://paleomix.readthedocs.io/en/stable |
| Wasabi | Wasabi, evrimsel dizi çözümlemesi ve görselleştirme için kullanılan açık kaynaklı, web tabanlı bir grafik ortamıdır. Filogenetik içeriklerde çoklu dizi hizalamalarıyla çalışmak üzere tasarlanmıştır. | http://wasabiapp.org |
| MapDamage2 | Antik DNA dizilim platformları tarafından üretilen verilerde DNA hasarlarını belirlemek için kullanılır. | https://github.com/ginolhac/mapDamage |
| BEAST 2 | BEAST 2 (Bayesian Evolutionary Analysis by Sampling Trees) zaman ağaçları oluşturmak için kullanılır. | https://www.beast2.org |
| Eve | Herhangi bir evrimsel modelin denenmesi için kullanılır ve genom dizilim verilerini kullanarak evrimsel hipotezleri test eder. | https://github.com/simonhmartin/Eve |
| MFvol.db v1.0 | Python için ilk moleküler evrim kütüphanesidir. | https://zenodo.org/record/7261487#.ZCqLqXJBy5c |
| PMDtools | Antik DNA'ya ait hasar modellerinin hesaplanması ve modern DNA kontaminasyonunun belirlenmesi için kullanılır. | https://github.com/pontussk/PMDtools |
| Gargammel | aDNA simülatörüdür. Bilinen referanslardan yola çıkarak antik DNA'yı (aDNA) simüle etmede kullanılır. | https://grenaud.github.io/gargammel |
| ATLAS | Mikrobiyal genomik, filogenetik ve moleküler evrimsel çözümlemelerde kullanılan bir araçtır. | https://github.com/stjohn/atlas |
| DAMBE | Mitokondriyal DNA verilerinden yararlanarak kontaminasyon tahmini yapılmasını sağlar. | http://dambe.abcc.nu |
| Schmutzi | DNA ve protein hizalamaları için en uygun evrim modelini seçmek için kullanılan araçtır. | |
| ModelTest-NG | Yeni kuşak dizileme verilerinin çözümlemesinde ve popülasyon genetiği yaklaşımıyla varyant tanımlamada kullanılan yazılımdır. | https://github.com/dsupple/modeltest-ng |
| ANGSD | Tür ya da popülasyon düzeyinde çoklu genom hizalamalarının evrimsel çözümlemesinde kullanılır. | http://www.popgen.dk/angsd/index.php/ANGSD |
| POPBAM | Antik ve modern DNA örneklerinde heterozigotluk tahmini için kullanılır. | https://github.com/Bioinformatics/Archive/POPBAM |
| ROHan | Dışkı materyalinden antik DNA ve mikrobiyom çözümlemeleri sağlar. | http://grenaud.github.io/ROHan |
| repcold | Protein kodlayan dizilerin, değişken bölgelerin ya da dN/dS oranlarındaki değişiklikleri dizi evrimini belirlemeye yardımcı olan yazılım aracıdır. | https://github.com/nf-core/repcold |
| POSE | Birlikte evrim ("co-evolution") araştırması için geliştirilen bir simülatördür. | https://github.com/CDCgov/POSE |
| ACES | https://bioinformatics.org/ices | |
| RASP4 | Filogenetik ilişkilerin analizi ve filogenetik ağaçların oluşturulmasında kullanılan bir yazılımdır. | http://mnh.scu.edu.cn/soft/blog/RASP |
| HomoplasyFinder | Homoplasi olarak benzerliğin gibi filogenetik sinyalleri tespit eden bir yazılımdır. | https://josephryanp.github.io/ryanlab-projects/homoplasyfinder |
| CAPRI | Filogenetik ilişkilerini ve seçimini çözümlemeye yarayan, evrimsel ilişkilerin araştırılmasını sağlayan bir yazılımdır. | https://github.com/BacSysMe/Caprib |
| PSITE | Filogenetik ilişkileri kullanarak tümör evriminin simüle edilmesini sağlar. | https://github.com/hchyang/PSITE |
| DICE | Modern veya ilkel insanlardan alınan eski DNA (aDNA) örneklerindeki hata oranlarını, demografik parametreleri ve günümüz bireylerinden kaynaklanan bulaşma oranlarını öngörmede kullanılan bir yazılımdır. | https://github.com/grenaud/dice |
| EvoLSTM | İçeri bazlı diz evriminde makine öğrenmesi temelli olasılık modelleri sunar. | https://github.com/DongjoonLim/EvoLSTM |
| HOPS | Antik metagenomik verilerin taksonomik profillendirmesinde kullanılır. | https://github.com/rhuebler/HOPS |
| DamMet | aDNA örneklerinin incelenmesiyle antik metilomların haritalanmasını sağlayan olasılıksal bir model sunar. | https://github.com/KHanghoj/DamMet |
| SourceTracker | Metagenomik çalışmalarda, mikrobiyal toplulukların kaynağını tahmin etmek için tasarlanmış bir yazılım aracıdır. | https://github.com/danknights/sourcetracker |
FaRkLaR Kılavuzu 27.12.2024 [15:01]
