DİRİMBİLİM (BIOLOGY)

- DE RHAM COHOMOLOGY ile/||/<> ČECH COHOMOLOGY

( de Rham diferansiyel form, Čech örtü intersection. )
( Formül: Differential forms İLE cover intersections )

- DEBYE İLE LARMOR İLE CYCLOTRON ile/||/<> PLAZMA ÖLÇEKLERİ

( Plazmadaki karakteristik uzunluk ve frekanslar. )
( Formül: λD = √(ε₀kT/ne²) )

- DEBYE İLE LARMOR İLE PLAZMA ile/||/<> KARAKTERİSTİK UZUNLUKLAR

( Plazmadaki temel uzunluk ölçekleri. )
( Formül: λ_D = √(ε₀kT/ne²) )

- DEBYE-SEARS ULTRASONIC CELL[İng.] / CELLULE ULTRASONIQUE DE DEBYE-SEARS[Fr.] ile/değil/yerine/= DEBYE-SEARS ULTRASONİK GÖZESİ/HÜCRESİ

- DEBYE UZUNLUĞU ile/||/<> ORTALAMA SERBEST YOL

( Debye elektrik perdeleme λ_D, serbest yol çarpışmalar arası λ. )
( Formül: λ_D = √(ε₀kT/ne²) )

- DEBYE-HÜCKEL İLE PİTZER İLE DAVİES ile/||/<> İYONİK KUVVET KURAMLERİ

( Elektrolit çözeltilerinin aktivite katsayısı modelleri. )
( Formül: log γ± = -A|z+z-|√I )

- DEBYE-HÜCKEL ile/||/<> PİTZER DENKLEMLERİ

( D-H seyreltik )
( Formül: I^(1/2) İLE kompleks )

- DEEP LEARNING ile/||/<> SHALLOW LEARNING

( Deep learning çok katmanlı sinir ağları kullanırken İLE shallow learning tek gizli katmanlı veya lineer modeller kullanır )
( Formül: Backpropagation )

- DEFATEN[Ar. DEF-AT[çoğ.] + Fars. -EN] ile/değil DEFAATLE[Ar. DEFA-AT[çoğ.] + Tr. İLE]

( Ansızın, bir kerede, bir çırpıda. İLE/DEĞİL Yineleyerek/tekrarlayarak, defalarca. )

- DEFORMASYON değil/yerine BİÇİM BOZULMASI

- DEFORMITY[İng.] değil/yerine/= DEFORMİTE

( Şekil bozukluğu.

[ açıklamaların devamı için... bkz. > evrimagaci.org/sozluk ] )

- DEGENERATION[İng.] değil/yerine/= DEJENERASYON

( Bozulma.

[ açıklamaların devamı için... bkz. > evrimagaci.org/sozluk ] )

- DEĞİŞEBİLİRLER ile/ve DEĞİŞMEMESİ GEREKENLER

- DEĞİŞEBİLİR/LİK ile KEYFÎ/LİK

- DEĞİŞEN ile/ve/<> DEĞİŞMEYEN

( Değişmeyen de değişecek olanın/değişmesi gerekenin değişimine etkide/katkıda bulunabilir. )
( Değişme gereksiniminde olan nasılsa değişecektir. )
( İçinizde değişmeyen nedir? )
( Değişmez olan, ancak sessizlik içinde idrak edilebilir. )
( Doğrulukta, değişmez oluruz. )
( Değişmez olan, işimize yaramaz. )
( Değişmeyenin bilincinde olamayız. )
( Değişmez-olanı anlamak, değişmez-olan olmak demektir. )
( Kendinizi değişmek olarak, değişken zihnin tanığı olarak bilin. Bu yeterlidir. )
( Hareket eden'in içinde devinimsiz olan'ı, değişenin içinde değişmez olanı ayırt edebilmeyi öğrenelim, ta ki tüm farkların sadece görünüşte olduğunu ve birliğin gerçek olduğunu idrak edinceye kadar. )
( Değişmez ve mutluluk-verici olanı bulmak için değişen ve acı verici olana sarılmayı bırakmak zorundasınız. )
( TÜREV: Değişkenin değişkeni. )
( What needs changing shall change anyhow.
What is it in you that does not change?
The unchangeable can only be realised in silence.
You become immovable in reticence.
You cannot be conscious of what does not change.
To realise the immovable means to become immovable.
Know yourself to be the changeless witness of the changeful mind. That's enough.
Learn to distinguish the immovable in the movable, the unchanging in the changing, till you realise that all differences are in appearance only and oneness is a fact.
To find the immutable and blissful you must give up your hold on the mutable and painful. )
( DEĞİŞENDE DEĞİŞMEYEN: ORAN )

- DEĞİŞİK/LİK ile/ve/değil/||/<> ÇEŞİTLİ/LİK

- DEĞİŞİM:
UZAYDA ile/ve DÜNYADA

( Tekil. İLE/VE Türsel. )

- DEĞİŞİM ile DEĞİŞİNİM

- DEĞİŞİM ile DEĞİŞİNİM/MUTASYON

( Bir süreç içindeki değişikliklerin tümü. | Yeni döllerin, atalarına tıpatıp benzememesini sağlayan özelliklerin tümü. | Üretilen malların, başka mallar ya da para karşılığı takası. | Bir niceliğin, birbirinden ayrı değerler alması ya da böyle iki değer arasındaki ayrım. | Rüzgârın yön değiştirmesi. @@ Doğada ve toplumda, niteliksel değişmelerin, yavaş yavaş değil birdenbire olması, bir şeyin, ortam ve koşullarını bulduğunda, birdenbire nitelik değiştirmesi. )

- DEĞİŞİM ile/ve/değil/||/>< DEVİNİM

- DEĞİŞİM ile/ve/<>/yerine/değil HEMEN DEĞİŞİM

( Değişmek, acı çekmekten daha kolaydır. )
( Easier to change, than to suffer. )

- DEĞİŞİM ile/ve/||/<> ZORUNLULUK

- DEĞİŞİMDE/METABOLE [ARISTOTELES'TE]:
| OLUŞ ile/ve/||/>< BOZULUŞ |
 ve/||/<>
| NİCELİK ile/ve/||/<> NİTELİK ile/ve/||/<> YER DEĞİŞTİRME |a

- DEĞİŞKEN AYIRMA ile/||/<> PERTÜRBASYON KURAMSİ

( Değişken ayırma tam çözüm, pertürbasyon yaklaşık seri. )
( Formül: Ψ = R(r)Θ(θ)Φ(φ) İLE ε^n )

- DEĞİŞKEN HESABI ile/||/<> DİFERANSİYEL HESAP

( Değişken fonksiyonel δS[y], diferansiyel fonksiyon df/dx. )
( Formül: δS/δy = 0 İLE df/dx = 0 )

- DEĞİŞKEN ile/||/<> BAĞLAMSAL

- DEĞİŞKEN ile/ve/değil/||/<>/< OLASILIK

- DEĞİŞKEN ile/||/<> SABİT

( Değişken bilinmeyen İLE sabit belirli değerdir )
( Formül: x İLE 5 )

- DEĞİŞMEK ile DEĞİŞTİRİL(E)ME(ME)K

- DEĞİŞMEYEN/LER ile/ve DEĞİŞENLERDE DEĞİŞMEYEN

- DEĞİŞMEZ/LİK ile/değil TUTARLI/LIK

- DEGRADER İLE PROTAC İLE MOLECULAR GLUE ile/||/<> PROTEİN DEGRADASYON

( Hedefli protein yıkımı. )
( Formül: POI-PROTAC-E3 )

- DEKOHERANS ile/||/<> ÖLÇÜM

( Dekoherans çevreyle etkileşim, ölçüm aktif müdahale. )
( Formül: Gradual İLE instant )

- DELİK ile/değil/yerine AÇIKLIK

- DELİL ile/ve DAYANAK

- DELİL ile/ve/||/<>/> DEVİR

- DELTA İŞLEVİ ile/||/<> HEAVİSİDE İŞLEVİ

( Delta anlık darbe, Heaviside basamak işlevi )
( Formül: δ(x) İLE H(x) = {0 if x )

- DEMET[Yun. DEMATİ] ile/||/<> DEST/E[< Fars.][Türkçe > Bulgarca ve Sırpça]

( Çiçek ya da bitkilerin bir araya getirilip bağlanmış biçimi, bağ, bağlam. | Aynı ya da farklı nesnelerin bir küme oluşturacak biçimde bir araya gelmiş biçimi. | Üstün yapılı bitkilerde öz suların akmasına yarayan, bitkiye desteklik eden damarlı ya da lifli kordon. | Uzunlamasına birbirine bitişik olarak bir arada bulunan sinir ve kas telleri topluluğu. | Bir atomun parçalanmasından doğan elektriklenmiş taneciklerin yörüngelerinden oluşan ışık topluluğu. İLE/||/<> Elde tutulabilecek biçimde bir araya getirilmiş nesnelerden oluşan bağ, demet, tutam, bağlam. | On tâneden oluşan takım. | Tutulacak yer, kabza, sap. | Yağlı güreşte pehlivanların ayrıldığı beş dereceden en küçüğü. | On yapraktan oluşan altın varak defteri. | Elli iki kâğıttan oluşan iskambil kâğıdı takımı. | Takım, tâife, güruh. )

- DEMİR ile/değil HEME DEMİR

- DEMİRHİNDİ ile ARUBAT

( Baklagillerden, sıcak iklimlerde yetişen bir ağaç. | Bu ağacın meyvesi. | Bu meyveden yapılan şerbet. | Pinti, hasis. )

- DEMOGRAFİ/K / DEMOGRAPHY/DEMOGRAPHIC[İng.] değil/yerine/= ÇOĞA BİLİMİ

- DEN A'SI" değil DNA'SI

- DENDRİMER İLE KALİXAREN İLE SİKLODEKSTRİN ile/||/<> SUPRAMOLEKÜLER YAPI TAŞLARI

( Host molekül platformları. )
( Formül: α-CD (6) İLE β-CD (7) İLE γ-CD (8) )

- DENDRİMER İLE STAR İLE BRUSH ile/||/<> CLİCK POLİMERLER

( Click ile polimer mimarileri. )
( Formül: G4-dendrimer )

- DENDRİMER ile/||/<> HİPERDALLANMIŞ

( Dendrimer mükemmel dallanma, hiper rastgele. )
( Formül: Monodispers İLE polidispers )

- DENDRİTİK DİKEN[İng. DENDRITIC SPINE] ile/||/<> DENDROKRONOLOJİ[İng. DENDROCHRONOLOGY]

( Dendritlerin üzerinde bulunan küçük çıkıntılardır. Bu dikenler, sinaptik bağlantılar aracılığıyla diğer sinir gözelerinden gelen uyarıları yakalar. Dendritik dikenlerin varlığı, nöronların diğer sinir gözeleriyle etkileşim kurabilme ve sinirsel bilginin iletilmesi için önemli bir mekanizmadır. @@ Dendrokronoloji, odunsu ağaçlarda ve çalılarda ağaç halkalarının tarihlendirilmesi ve incelenmesiyle ilgilenen bilim dalıdır. Büyüme halkaları, kabuğa yakın bir göze tabakası olan vasküler kambiyumun her yıl gerçekleştirdiği sekonder büyüme sonucu oluşur.

[ açıklamaların devamı için... bkz. > evrimagaci.org/sozluk ] )

- DENDRİTİK POLİMER ile/||/<> LİNEER POLİMER

( Dendritik polimer ağaç benzeri dallanma gösterirken İLE lineer polimer düz zincir yapısındadır )
( Formül: Dallanma derecesi )

- DENDROGAM

( Soyağacı. )

- DENENEBİLİR/LİK ile/ve/||/<>/> DENETLENEBİLİR/LİK

- DENEY VE GÖZLEM ve/||/<> ÖLÇÜ VE YÖNTEM

- DENEY ile TEST

( Bilimsel bir gerçeği göstermek, bir yasayı doğrulamak, bir varsayımı kanıtlamak amacıyla yapılan işlem. İLE Birinin, bir topluluğun doğal ya da sonradan kazanılmış yeteneklerini, bilgi ve becerilerini ölçmeye ve anlamaya yarayan sınama. | Doğru yanıtın, seçenekler arasından bulunmasına dayanan bir sınav türü. | Biyolojik bir işlevi ya da değişmez bir niteliği incelenen bireyin tepkisini, örnek olarak alınan normal bireyinkiyle karşılaştırarak ölçmeye ve değerlendirmeye yarayan yoklama. | Bir hastalığın varoluşunu ve niteliğini anlamak için yapılan laboratuvar araştırması. )

- DENEYCİLİK ile/||/<> AKILCILIK

( Bilginin kaynağı tartışması )
( John Locke tarafından 1689 yılında keşfedildi/formüle edildi. (1632-1704) (Ülke: İngiltere) (Alan: Felsefe) (Önemli katkıları: Ampirizm, tabula rasa) )

- DENEYCİLİK ile/||/<> DOGMATİZM

( Bilginin kaynağı deneydir )
( Francis Bacon tarafından 1620 yılında keşfedildi/formüle edildi. (1561-1626) (Ülke: İngiltere) (Alan: Felsefe, Bilim Metodolojisi) (Önemli katkıları: Deneysel yöntem, tümevarım) )

- DENEYİM:
YAŞLANARAK değil YAŞAYARAK

- DENEYİM ile/ve BİRİKİM

( Doğrudan deneyim, tek geçerli doğrulamadır. )
( Geçmiş deneyimlere göre davranmayalım, yeniden deneyelim. )
( Tüm deneyim, imgelemeden doğmuştur. )
( Direct experience is the only valid confirmation.
All experience is born of imagination. )

- DENEYİM ile/ve/||/<> DENEYİMLENİLEN

- DENEYİMLEYEN ile/ve/||/<> DENEYİMLEME BAĞI ile/ve/||/<> DENEYİMLENİLEN

- DENEYSEL ile/ve/değil DENEYİMSEL

- DENEYSEL ile/ve/<>/değil/yerine RASTLANTISAL

- DENGE ve/||/<>/> KONFOR[=> ÇÜRÜME] ve/||/<>/> SORUN ve/||/<>/> KARMAŞA ve/||/<>/> ÇÖZÜMLER/ÇARELER

( En "dengeli" ya da eşit durum, ölümdür. VE/||/<>/> En konforlu durum, çürümedir ve mezarlıktadır. VE/||/<>/> En büyük/ciddi "sorunlar" ile harekete geçilir. VE/||/<>/> En hareketli ortamlarda karmaşa ve kargaşa oluşur. VE/||/<>/> Daha iyi/nitelikli/isabetli çözümler oluş(tur)maya başlarız. )

- ADYABATİK DENGE ile/||/<> DEVİNGEN/DİNAMİK DENGE ile/||/<> GENETİK DENGE ile/||/<> KESİNTİLİ DENGE

( Termodinamikte, bir düzenin sınırlarından ısı akışının gerçekleşmediği ya da giren ısının çıkan ısıya eşit olduğu denge durumu. İLE/||/<> Kısa dönemde çok fazla değişiklik olmasına karşın, uzun dönemde pek fazla morfolojik değişimin gözlenmediği durumlar.[Net evrimsel değişimin az olduğu durumlar için kullanılır.] İLE/||/<> Popülasyonun jenerasyondan jenerasyona evrim geçirmediği; genetik havuzdaki frekansların sabit kaldığı durum. İLE/||/<> Türlerin uzun süre değişmediğini, çevresinde oluşan büyük değişiklikler sonucu bir anda değiştiğini belirten evrimsel modelleme. )

- DENGELİ POLİMORFİZM ile/||/<> GEÇİCİ POLİMORFİZM

( Dengeli kalıcı çeşitlilik, geçici geçici. )
( Formül: Maintained İLE temporary )

- DENİZ ile/||/<> NAVİGASYON

( Kitab-ı Bahriye İLE Akdeniz navigasyon rehberi )
( Piri Reis tarafından 1521 yılında keşfedildi/formüle edildi. (1465-1553) (Ülke: Osmanlı) (Önemli katkıları: Dünya haritası, Kitab-ı Bahriye denizcilik ansiklopedisi) )

- DENİZ ile/ve/||/<> TER ile/ve/||/<> GÖZYAŞI

( Bu üç tuzlu su, çoğu durumu değiştiren, çoğu sorunu "çöze(bile)n" durum ve nesnedir. )

- DENJOY CONJECTURE ile/||/<> BİEBERBACH CONJECTURE

( Denjoy univalent fonksiyon, Bieberbach katsayı tahmini. )
( Formül: Univalent functions İLE coefficient bounds )

- DENKLEM ile/||/<> EŞİTSİZLİK

( Denklem eşitlik İLE eşitsizlik büyük/küçük ilişkisi )
( Formül: ax+b=0 İLE ax+b>0 )

- DEPO ile DEPOLAMA ile DEPOZİT

( Uzun salımlı [ilaç], ambar, yığım. İLE Yığma. İLE Birikinti, çökelti, kalıntı. )

- DEPOLARİZASYON ile/||/<> HİPERPOLARİZASYON

( Depolarizasyon pozitife İLE hiperpolarizasyon negatife kaymadır )
( Formül: Uyarılma İLE baskılanma )

- DEPRESYON[İng. DEPRESSION] ile/||/<> LOBOTOMİ[İng. LOBOTOMY] ile/||/<> MÜZİK TERAPİSİ[İng. MUSIC THERAPY] ile/||/<> PSİKOTERAPİ[İng. PSYCHOTHERAPY] ile/||/<> SEROTONİN

( Devamlı olarak üzüntü ve ilgi kaybına neden olan psikolojik rahatsızlık. Depresyon; kişinin hislerini, duygularını ve fiziksel davranışlarını etkileyebilir. Kişi günlük aktivitelerini gerçekleştirmekte zorlanabilir ve intihara yatkın olabilir. Depresyon; alanında uzman bir hekimin yönlendirmesi ile psikoterapi ve/veya ilaç tedavisi ile tedavi edilebilir. @@ Bir hastanın beyin lobunun bir ya da birkaç bölümünün kesilmesi yoluyla yapılan psikocerrahi yöntem. Eski dönemlerde şizofreni, bipolar bozukluk ya da depresyon hastalarının semptomlarını azaltmayı amaçlayan oldukça radikal bir tedavi yöntemidir. @@ Kalp rahatsızlıkları, depresyon, otizm, madde bağımlılığı ve Alzheimer hastalığı gibi çeşitli rahatsızlıklara yardımcı olan kanıta dayalı bir tedavi yöntemidir. Hafızaya yardımcı olabilir, kan basıncını düşürebilir, başa çıkmayı iyileştirebilir, stresi azaltabilir ve benlik saygısını artırabilir. @@ Bir ruh sağlığı uzmanıyla konuşarak sağlıksız duygu, düşünce ve davranışları belirlemeyi ve değiştirmeyi amaçlayan tedavi yöntemidir. Psikoterapi, stres ve ilişki sorunlarından zihinsel sağlık koşullarına kadar birçok farklı konuda yardımcı olabilir. @@ İnsanlarda bağırsaklarda ve beyinde üretilen bir nörotransmitter. Kimyasal formülü 5-hydroxytryptamine (5-HT) olan serotonin, sinir gözeleri arasında sinyaller gönderir ve hormon görevi görür. Serotonin azlığı anksiyete ve depresyon gibi birçok sorun ile ilişkilendirilmiştir. Vücutta çok fazla serotonin bulunması durumunda "serotonin sendromu" adı verilen tehlikeli bir durum oluşabilir.

[ açıklamaların devamı için... bkz. > evrimagaci.org/sozluk ] )

- DERECE İLE RADYAN İLE GRADYAN ile/||/<> AÇI ÖLÇÜ BİRİMLERİ

( Açı ölçüm sistemleri. )
( Formül: 1 rad = 180°/π )

- DERİ KIRIŞIKLIĞI ile YAŞ

( ÂJENG[Fars.]: Yaşlılıktan ya da öfkeden dolayı beliren kırışıklık. )

- CONCENTRATION CELL[İng.] / PILE DE CONCENTRATION[Fr.] / KONZENTRATION ZELLE, KONZENTRATIONSDEMENT[Alm.] ile/değil/yerine/= DERİŞİM PİLİ

- DERİVED ALGEBRAİC GEOMETRY ile/||/<> CLASSICAL ALGEBRAİC GEOMETRY

( Derived algebraic geometry homotopical bilgi içeren şemalarken İLE classical algebraic geometry standart komütatif cebirsel geometridir )
( Formül: Simplicial commutative rings )

- DERİVED CATEGORY ile/||/<> TRİANGULATED CATEGORY

( Derived category kompleks kohomoloji kategorisiyken İLE triangulated category axiomatik üçgen yapı taşır )
( Formül: Exact triangle )

- DERM[İng.] değil/yerine/= DERİ | KATMAN | YAPRAK

- DERMİS ile/||/<> EPİDERMİS ile/||/<> HİPODERMİS[İng. HYPODERMIS] ile/||/<> MELANOSİT[İng. MELANOCYTE] ile/||/<> PETEŞİ[İng. PETECHIA]

( Epidermisin altında bulunan ve gerçek deriyi oluşturan; kılcal kan damarları, sinir uçları, ter bezleri, kıl folikülleri ve diğer yapıları içeren kalın canlı doku tabakası. @@ Cildin gözle görülebilen ve vücut için koruma sağlamaya çalışan ince, dış tabakasıdır. Derinin bu kısmı herhangi bir kan damarı içermez ve bu nedenle, besinlere erişim sağlamak ve atıkları atmak için doğrudan epidermisin altında bulunan derinin tabakası olan dermise bağımlıdır. @@ Deri altı katı. Dermis katının altındaki yağ dokudan zengin gevşek bağ dokudan yapılmış kat. @@ Epidermis katmanı gözeleri arasında melanin pigmenti içeren ve derinin rengini veren gözeler. @@ Epidermisin altında küçük kan sızıntısının neden olduğu ufak benek, nokta.

[ açıklamaların devamı için... bkz. > evrimagaci.org/sozluk ] )

- DESCRİPTİVE SET THEORY ile/||/<> CLASSICAL SET THEORY

( Descriptive set theory Borel ve analytic kümeleri incelerken İLE classical set theory genel küme aksiyomlarını inceler )
( Formül: Projective hierarchy )

- DESİBEL İLE FON İLE SON ile/||/<> SES ŞİDDETİ BİRİMLERİ

( Ses şiddeti ölçüm birimleri. )
( Formül: dB = 10 log(I/I₀) )

- DESICCATION[İng.] değil/yerine/= DESİKASYON

( Kuruma, kurutma.

[ açıklamaların devamı için... bkz. > evrimagaci.org/sozluk ] )

- DESMOSOM ile/||/<> SIKI BAĞLANTI

( Desmosom mekanik bağ İLE sıkı bağlantı sızdırmazlık. )
( Formül: Adezyon İLE bariyer )

- DETERMİNANT ile/||/<> İZ (TRACE)

( Determinant matrisin tersinirliğini, iz ise köşegen elemanları toplamını verir )
( Formül: det(A) ≠ 0 ⟺ A tersinir\ntr(A) = Σaᵢᵢ = Σλᵢ (özdeğerler) )

- DETERMİNANT ile/||/<> TRACE

( Determinant hacim çarpan İLE trace köşegen toplamı. )
( Formül: det(A) İLE tr(A) )

- DETERMİNİSTİK KAOS ile/||/<> RASTGELE SÜREÇ

( Kaos belirli kurallı öngörülemez, rastgele gerçek stokastik. )
( Formül: Lorenz İLE Brown )

- DETERMİNİSTİK ile/||/<> STOKASTİK

( Deterministik sistemler öngörülebilir İLE stokastik sistemler rastgelelik içerir )
( Kolmogorov tarafından 1933 yılında keşfedildi/formüle edildi. (1903-1987) (Ülke: Rusya) (Alan: Matematik) (Önemli katkıları: Olasılık teorisi aksiyomları) )

- DETERMİNİZM[İng. DETERMINISM] ile/||/<> GEREKİRCİLİK[İng. DETERMINISM]

( Gerekircilik. Nesne ve olgular arasındaki zorunlu bağlantıyı dile getiren bilimsel görüştür. Determinizm, nesnel ve evrensel nedenselliğe dayanır. @@ Determinizm. Nesne ve olgular arasındaki zorunlu bağlantıyı dile getiren bilimsel görüştür. Determinizm, nesnel ve evrensel nedenselliğe dayanır.

[ açıklamaların devamı için... bkz. > evrimagaci.org/sozluk ] )

- DETERMİNİZM İLE İNDETERMİNİZM İLE OLASILIK ile/||/<> FİZİK FELSEFİ SORUNLARI

( Fiziğin temel felsefi soruları. )
( Formül: Hidden variables? )

- DEVEKUŞU ile FİL KUŞU

( ... İLE XIII. ve XVII. yy. arasında yaşamış, XIX. yy.'da fosilleşmiş olarak bulunmuştur. Şimdiye kadar yaşamış en büyük kuş türüdür. Keşfedilmiş kuşların arasında en büyük yumurtaya sahip olan kuştur.[Tavuk yumurtasının 120 katı büyüklüğündedir.] [Fosilleri ve yumurtaları, Madagaskar'da bulunmuştur.] )
( ... İLE )

- DEVEKUŞU ile REA/DARWIN NANDUSU

- DEVİM/HAREKET ile/ve/değil DEĞİŞİM

- DEVİM ile/ve/<> DEVİNİM

( Hareket. İLE/VE/<> Çeşitleri. )

- DEVİM/HAREKET ile/ve/||/<>/> DÖNÜŞÜM

- DEVİM/HAREKET ile/ve/||/<>/> GELİŞİM

- DEVİNGEN ile/ve/||/<> AKIŞKAN

- DEVİNİM = HAREKET = MOVE, MOTION, MOVEMENT[İng.] = MOUVEMENT[Fr.] = BEWEGUNG[Alm.] = MOTUS[Lat.] = KINESIS[Yun.] = MOVIMIENTO[İsp.]

- DEVİR[Ar.] ile TESELSÜL[Ar.]

( Dönme, dönüş. | Aktarılma. | Bir malın mülkiyetini ya da bir mal üzerindeki hakkı bir başkasına geçirme. | Bir görevin birinden bir başkasına geçmesi. | Sürekli ve düzenli değişme, çevrim. | Bir hareket, birbirinin aynı olan ve eşit zamanlarda yapılan başka hareketlerden oluştuğunda hareketlerin her biri ya da bunların yapılması için geçen her zaman aralığı, periyot. | Dolaşma. İLE Zincirleme. | Birbirine bağlı, birbiri ile ilgili şeylerin oluşturduğu dizi, sıra, silsile. | Birden fazla kimsenin bir borçtan dolayı sorumlu olması. )

- DEVİRLİ ONDALIK ile/||/<> DEVİRSİZ ONDALIK

( Devirli tekrar eder, devirsiz sonlanır )
( Formül: 0.333... İLE 0.25 )

- DEVR[Ar.] ve/||/<> DAİM[Ar.]

- DEVRİ DAİM ile/ve/değil/||/<>/< DEVR-İ DAİM

- DEVR-İ TEFRÎH

( Kuluçka devri. )

- DEVRİM ile/ve/>/değil/yerine EVRİM

( Nedenlerini bilmediğimiz olaylara verdiğimiz ad. İLE/VE/>/DEĞİL/YERİNE Nedenlerini/nasıllarını, süreçlerini ve sonuçlarını bildiklerimiz. )

- DEVŞİRMEK ile/ve DENŞİRMEK

( Biraraya getirmek, derlemek, toparlamak. | Katlamak, düzgün duruma getirmek. | Asker olarak yetiştirilmek üzere Yeniçeri Ocağı'na alınacak çocukları seçip, toplama. İLE/VE
Bir şeyin doğasını ya da niteliğini bozmak. )

- DEYİM ile/değil DİYEYİM[YAZIDA]/DİYİM[KONUŞMADA]

- DEZENFEKSİYON/DISINFECTION[İng.] değil/yerine/= BULAŞ SAVMA

- DEZENFEKSİYON ile/||/<> DEZENFEKTAN

( Mikropsuzlaştırma. İLE/VE/|| Mikrop savan. )

- DEZENFORMASYON ile DEFORMASYON

- DFT İLE MD İLE MONTE CARLO İLE PHASE FİELD ile/||/<> HESAPLAMALI MALZEME

( Malzeme modelleme yöntemleri. )
( Formül: E[ρ] = T[ρ] + V[ρ] + U[ρ] )

- DFT ile/||/<> HARTREE-FOCK

( DFT elektron yoğunluğu, HF dalga fonksiyonu. )
( Formül: ρ(r) İLE Ψ )

- DİAGONAL ile/||/<> SİDE

( Diagonal köşe-köşe bağlantı İLE side yan kenar. )
( Formül: Vertex connection İLE boundary )

- DİAGONALİZATION ile/||/<> JORDAN FORM

( Diagonalization köşegen benzer, Jordan üst üçgen blok. )
( Formül: P⁻¹AP diagonal İLE Jordan blocks )

- DİAMANYETİK İLE PARAMANYETİK İLE FERROMANYETİK ile/||/<> MANYETİK MALZEMELER

( Malzemelerin manyetik alan karşısındaki davranışları. )
( Formül: B = μ₀(H + M) )

- DICHOTOMY[İng.] değil/yerine/= DİKOTOMİ

( Genellikle birbiriyle çelişkili kısımlar, kategoriler ya da fikirlere olmak üzere, ikiye bölünme demektir. Bir değişkenin ancak birbirinin zıddı iki değer alabilmesidir. Cinsiyetin kadın ya da erkek olmak üzere iki kategoriye ayrılabilmesi.

[ açıklamaların devamı için... bkz. > evrimagaci.org/sozluk ] )

- DİELEKTRİK ile/||/<> FERROMANYETİK

( Dielektrik elektrik alanı zayıflatır İLE ferromanyetik manyetik alanı güçlendirir. )
( Formül: κ > 1 İLE μᵣ >> 1 )

- DİELEKTRİK ile/||/<> İLETKEN (İKİLİ KARŞILAŞTIRMA)

( Dielektrik polarize olur, iletken serbest elektron taşır )
( Formül: Polarizasyon İLE iletim )

- DİELS-ALDER ile/||/<> SİKLOKATILMA [2+2]

( Diels-Alder [4+2] termal izinli, [2+2] fotokimyasal. )
( Formül: Dien + dienofil )

- DİFERANSİYEL HESAP (BHASKARA) ile/||/<> DİFERANSİYEL HESAP (NEWTON)

( Bhaskara diferansiyel hesabın temellerini 12. yüzyılda buldu İLE Newton 17. yüzyılda sistematize etti. )
( Bhaskara II tarafından 1150 yılında keşfedildi/formüle edildi. (1114-1185) (Ülke: Hindistan) (Alan: Matematik, Astronomi) (Önemli katkıları: Diferansiyel hesap, Lilavati, Bijaganita) )

- DİFERANSİYEL İLE KISMİ TÜREVLİ İLE İNTEGRAL İLE STOKASTİK İLE NÜMERİK ile/||/<> DENKLEM TÜRLERİ

( Farklı denklem tiplerinin çözüm yöntemleri ve uygulamaları. )
( Formül: ∂²u/∂x² = (1/c²)∂²u/∂t² )

- DİFERANSİYELLENEBİLİR ile/||/<> SÜREKLİ

( Diferansiyel türevli, sürekli sadece kesintisizdir )
( Formül: Türev var İLE türev yok olabilir )

- DIFFERENTIAL FITNESS[İng.] değil/yerine/= DİFERANSİYEL BAŞARI

( Belirli fenotipe sahip bireylerin ortalama hayatta kalma ve eş bulma becerisinin, diğer fenotiptekilere göre farklılığıdır.

[ açıklamaların devamı için... bkz. > evrimagaci.org/sozluk ] )

- DIFFERENTIAL GALOİS THEORY ile/||/<> CLASSICAL GALOIS THEORY

( Differential Galois theory diferansiyel denklem çözümlerinin Galois kuramıyken İLE classical Galois theory polinom denklem çözümlerinin kuramıdir )
( Formül: Picard-Vessiot extension )

- DİFRAKSİYON ile/||/<> İNTERFERANS

( Difraksiyon engel arkası yayılma, interferans dalga girişimidir )
( Formül: Tek yarık İLE çift yarık )

- DİFÜZYON İLE OSMOZ İLE AKTİF TRANSPORT ile/||/<> HÜCRE TRANSPORTU

( Madde geçiş mekanizmaları. )
( Formül: 3Na⁺ out İLE 2K⁺ in )

- DİFÜZYON KONTROL ile/||/<> KİNETİK KONTROL

( Difüzyon kütle transferi sınırlı, kinetik elektron transfer. )
( Formül: id = nFADC/δ İLE Butler-Volmer )

- DİFÜZYON ile/||/<> AKTİF TAŞIMA

( Difüzyon pasif gradyan İLE aktif taşıma ATP karşı gradyan. )
( Formül: Fick yasası İLE pompa )

- DİFÜZYON ile/||/<> OSMOZ

( Difüzyon molekül hareketi İLE osmoz su hareketidir )
( Formül: Gaz yayılması İLE su geçişi )

- DİFÜZYON ile YAYINIM

- DİGİTAL BİOLOGY ile/||/<> ANALOG BİOLOGY

( Digital biology dijital teknoloji entegrasyonu ile biyoloji yaparken İLE analog biology geleneksel non-digital yöntemler kullanır )
( Formül: Digital biomarkers )

- DİJİTAL ile/||/<> DEVRE

( Boolean cebiri ile dijital devre tasarımı )
( Claude Shannon tarafından 1937 yılında keşfedildi/formüle edildi. (1916-2001) (Ülke: ABD) (Alan: Matematik, Elektronik) (Önemli katkıları: Bilgi teorisi, dijital devre tasarımı) )

- DİJKSTRA İLE BELLMAN-FORD İLE FLOYD-WARSHALL ile/||/<> EN KISA YOL

( Graf üzerinde mesafe algoritmaları. )
( Formül: O(V²) İLE O(VE) İLE O(V³) )

- DİKOTOMİ PARADOKSU ile/||/<> SONSUZ BÖLME PARADOKSU

( Dikotomi paradoksu hedefe ulaşmak için sonsuz adım İLE sonsuz bölme paradoksu yarım yolları geçme problemidir. Zenon önce yarıya, sonra çeyreğe vb. ulaşılmalı İLE sonsuz adım tamamlanamaz görünür. Limit kavramı ile çözüldü. )
( Zenon (Elea) tarafından -450 yılında keşfedildi/formüle edildi. (-490--430) (Ülke: Antik Yunan) (Alan: Felsefe, Mantık) (Önemli katkıları: Zenon paradoksları (Aşil ve kaplumbağa, ok paradoksu), hareket ve bölünebilirlik paradoksları) )

- DİL OYUNLARI ile/||/<> YAŞAM BİÇİMİ

( Dil felsefesi )
( Ludwig Wittgenstein tarafından 1953 yılında keşfedildi/formüle edildi. (1889-1951) (Ülke: Avusturya) (Alan: Felsefe) (Önemli katkıları: Dil felsefesi, mantıksal pozitivizm) )

- DİL[Azr.] = DEV[Tr.]

- DİLEK ile/ve/değil/yerine/||/<>/</>< GERÇEK/LİK

- DİLİNİ:
YUVARLAYABİLEN ile/ve YUVARLAYAMAYAN

- DİLSEL DEĞİŞKEN ile/||/<> SAYISAL DEĞİŞKEN

( Dilsel değişken sözel ifadeler (soğuk, ılık, sıcak), sayısal değişken rakamsal değerler )
( Lotfi A. Zadeh tarafından 1975 yılında keşfedildi/formüle edildi. (1921-2017) (Ülke: Azerbaycan/ABD) (Alan: Matematik, Bilgisayar) (Önemli katkıları: Bulanık mantık, bulanık kümeler) )

- DİNAMİK KİMYASAL AĞ ile/||/<> STATİK KİMYASAL AĞ

( Dinamik kimyasal ağ sürekli bağ kırılıp oluşurken İLE statik kimyasal ağ sabit bağ yapısı gösterir )
( Formül: Adaptif malzeme )

- DİNGİNLİK ile HAREKETSİZLİK

( Hareketsiz kalma, eylemde bulun; çünkü etkinlik hareketsizliğe üstündür; hareketsizlik manevi yaşamı köreltir. )
( Ayrılık ve görünümlerin bir ve bütün olduğunu kavramak için aklın sakinleştirilmesi ve dinginlik kazanması gereklidir. )

- DİNGİNLİK ve/<> HAREKETTE DİNGİNLİK

- [ne yazık ki]
DİNİN, ...:
"EMİRLERİ" ile/değil/yerine/>< KAVRAMLARI

- DİNLEYELİM! ve/||/<> YÜZLEŞELİM! ve/||/<> ANLAYALIM!

( [Yoksa ...] Dilimiz, bizi sağır eder. VE/||/<> Kalbimiz, bizi tutsak eder. VE/||/<> Zihnimiz, bizi deli eder. )

- DİNOZOR ile/||/<> TERİM

( Dinozor terimini tanımlayan )
( Richard Owen tarafından 1842 yılında keşfedildi/formüle edildi. (1804-1892) (Ülke: İngiltere) (Alan: Biyoloji, Paleontoloji) (Önemli katkıları: Dinozor terimi, homoloji kavramı) )

- DIOECIOUS[İng.] değil/yerine/= İKİEVCİKLİ

( Erkek ve dişi üreme fonksiyonlarının ayrı bireylerde oluştuğu canlılardır. Genelde bitkilerin ayırt edilmesinde kullanılır.

[ açıklamaların devamı için... bkz. > evrimagaci.org/sozluk ] )

- DİOPHANTİNE APPROXIMATION ile/||/<> CONTİNUED FRACTİON

( Diophantine irrasyonel yaklaşım, sürekli kesir gösterim. )
( Formül: Yaklaşım İLE gösterim )

- DİPOL İLE KUADRUPOL İLE OKTUPOL ile/||/<> ÇOKLU KUTUP MOMENTLERİ

( Elektrik yük dağılımlarının farklı mertebedeki momentleri. )
( Formül: V = kq/r + kp·r̂/r² + ... )

- DİRAC ile/||/<> DENKLEMİ

( Relativistik kuantum mekaniği denklemi )
( Paul Dirac tarafından 1928 yılında keşfedildi/formüle edildi. (1902-1984) (Ülke: İngiltere) (Alan: Fizik) (Önemli katkıları: Fermi-Dirac istatistiği, kuantum mekaniği) (Nobel: 1933) )

- DİRECTED EVOLUTİON ile/||/<> RANDOM EVOLUTİON

( Directed evolution kasıtlı seleksiyon baskısı ile evrim yönlendirirken İLE random evolution rastgele mutasyon ve doğal seçilimle gerçekleşir )
( Formül: Protein engineering )

- DİRECTİONAL DERİVATİVE ile/||/<> GRADİENT

( Directional yön türevi, gradient ∇f vektör alan. )
( Formül: Specific direction İLE vector field )

- DIRECTIONAL SELECTION[İng.] değil/yerine/= YÖNLÜ SEÇİLİM

( Bu tip seçilim türünde, bir popülasyonun belirli bir özelliği artış ya da azalış yönünde bir seyir izler. Popülasyonun ortalama özellik değerlerinde düzenli bir değişime neden olabilir.Bir popülasyonda küçük vücuda sahip olmak direk uyum başarısını arttırıyorsa, her nesilde daha küçük bireyler seçilecek, evrim belirli bir yöne doğru ilerleyecektir.

[ açıklamaların devamı için... bkz. > evrimagaci.org/sozluk ] )

- DİREK ile/ve/<> DAYANAK

- DİRENÇ ile/ve/<> ÖZDİRENÇ

( ... İLE/>< Her nesnenin, elektrik akımına karşı gösterdiği direnç. )

- DİREY ile/ve BİREY

- DİRİ ve/<> BİRİ

- DİRİCHLET İLE DEDEKİND İLE HECKE ile/||/<> L-FONKSİYONLARI

( Analitik sayı kuramı fonksiyonları. )
( Formül: L(s ileχ) = Σχ(n)/n^s )

- DİRİCHLET İLE RİEMANN İLE DEDEKİND ile/||/<> SAYI KURAMSİ İŞLEVLERİ

( Sayı kuramınde önemli işlevler. )
( Formül: ζ(s) = Σ(1/n^s) )

- DİRİCHLET TEOREMİ ile/||/<> BERTRAND POSTÜLATI

( Dirichlet aritmetik progression asal, Bertrand n-2n arası asal. )
( Formül: AP prime İLE interval prime )
( Peter Gustav Lejeune Dirichlet tarafından 1837 yılında keşfedildi/formüle edildi. )

- DİRİL ile DİRİL[Alm. < DRILL]

( DİRİKSEL. Diri/canlı ile ilgili, diriler üzerinde olan. İLE Şilte yüzü ya da gömlek yapmaya yarayan, pamuklu bir kumaş. )

- DİRİM ve/+/||/<>/> ve/+/||/<>/>

- DİRİMBİLİM/DİRİLBİLİM = BIOLOGY[İng.] = BIOLOGIE[Fr.] = BIOLOGIE[Alm.] = BIOLOGIA[İt.] = BIOLOGÍA[İsp.]

- DİRİMBİLİM ve/||/<>/> EVRİM

(

Moleküler Evrimde Kullanılan Dirimbilisel(Biyoenformatik) Araçlar

Nükleotid Dizi Veritabanları

Veritabanı Bilgi Erişim Bağlantısı
NCBI NCBI, biyoteknoloji ve biyotıp ile ilgili bir dizi veritabanı içerir. Biyoenformatik araçları ve hizmetleri için önemli bir kaynaktır. https://www.ncbi.nlm.nih.gov
EMBL Avrupa Moleküler Biyoloji Laboratuvarı (EMBL) Nükleotid Dizisi Veritabanı, Avrupa Biyoenformatik Enstitüsü'nde (EBI) tutulan kapsamlı bir birincil nükleotid dizileri koleksiyonudur. Veriler, genom dizileme merkezlerinden, bireysel bilim insanlarından ve patent ofislerinden alınır. https://www.embl.org
DDBJ DDBJ (DNA Databank of Japan) Japonya Bilgi Biyolojisi Merkezi tarafından organize bir birincil nükleotid dizi veritabanıdır. https://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html
GenBank NCBI’nin birincil veritabanları arasındadır. Farklı kaynaklardan toplanan nükleotid ve aminoasit dizi koleksiyonlarını içerir. Bu veritabanı, belli bir dizi bilgisini türünün aranmasını ve kullanımını kolaylaştırmak için dizi bilgilerini farklı biçimlerde düzenlemeye izin veren biçimde kategorize edilmiştir. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank
OMIM OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man Database) insanda tanımlanan genlerin ve genetik hastalıklarla ilgili fenotipleri içeren kapsamlı bir veritabanıdır. https://www.omim.org
Entrez Moleküler Dizi Veritabanı Entrez, nükleotid ve protein dizisi verilerine, gen merkezi ve genomik haritalama bilgilerine, 3D yapı verilerine, PubMed MEDLINE’a ve daha fazlasına entegrasyon sağlayan bir moleküler biyoloji veri tabanı sistemidir. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Search/entrezfs.html
Homologene Tamamı dizilenmiş ökaryotik genomlarda anotasyonu tamamlanmış genlerin diğer organizmalardaki homologlarının otomatik olarak bulunmasını sağlayan bir araçtır. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/homologene
NCBI RefSeq Genomik DNA, transkriptler ve protein dizi setlerini içeren ve tekrar olmayan, entegre ve kapsamlı dizi koleksiyonunu içeren bir veritabanıdır. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq

Protein Veritabanları

Veritabanı Bilgi Erişim Bağlantısı
UniProt/Swiss-Prot Protein dizi ve işlev bilgilerine erişim sağlayan bir veritabanıdır. Proteinleri ailelere, domenlere ve korunmuş bölgelere göre sınıflandırarak işlevsel analizini sağlayan veritabanıdır. https://www.uniprot.org
InterPro Hangi genlerin/proteinlerin hangi kategoriler altında ifade edildiğini ve ekspresyonlarının hangi koşullarda farklılık gösterdiğini gösteren veritabanıdır. https://www.ebi.ac.uk/interpro/home
Expression Atlas Kütle spektrometresiyle belirlenmiş protein ekspresyon verilerinden oluşan bir arşivdir. https://www.ebi.ac.uk/pride

Genom Tarayıcıları

Veritabanı Bilgi Erişim Bağlantısı
Genome Data Viewer (GDV) Harita Görüntüleyici, organizmaların tüm genomlarının ve kromozom haritalarının görüntülenmesini sağlar. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv
Ensembl Referans genom anotasyonlarına erişim sağlayan bir genom tarayıcısı, API ve veritabanıdır. https://www.ensembl.org
UCSC Genome Browser UCSC (University of California Santa Cruz) Genom Browser genom dizi bilgilerini içeren bir veritabanıdır.
VEGA Genome Browser VEGA (Vertebrate Genome Annotation) genom tarayıcısı Ensembl veritabanı üzerine kurulmuştur. Ensembl ve VEGA arasındaki fark, Ensembl'in çok sayıda omurgalı ve omurgasız türü için hesaplamalı olarak seçilmiş ("computationally curated") dizilerin görüntülenebilmesi, VEGA veritabanının ise dizilemesi tamamlanan omurgalı genomik dizilerinin yüksek kaliteli manuel anotasyonlarını içermesidir. http://vega.archive.ensembl.org
)
(

Gen Ekspresyon Veritabanları

Veritabanı Bilgi Erişim Bağlantısı
Gene Expression Omnibus (GEO) Database GEO, MIAME (Minimum Information About a Microarray Experiment) uyumlu mikro dizi verilerini, yeni nesil dizileme verilerini ve bilimsel topluluk tarafından sunulan diğer yüksek verimli fonksiyonel genomik veri biçimlerini arşivleyen ve serbestçe dağıtan halka açık bir veritabanıdır. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo
ArrayTrack Database ABD Gıda ve İlaç İdaresi’nde mikroarray gen ekspresyon verilerinin halka açık bir veritabanıdır. ArrayTrack, mikroarray gen ekspresyonu verilerini ve farmakogenomik veya toksikogenomik çalışmalarla ilişkili deneysel parametreleri yönetmek, analiz etmek ve yorumlamak için entegre bir çözüm sunmaktadır. İlaçların veya diğer kimyasalların gen ekspresyonu üzerindeki etkileri üzerine çalışmalar için uygundur. ArrayTrack, MIAME uyumlu verileri desteklemektedir. https://www.fda.gov/science-research/bioinformatics-tools/arraytrack-hca-pca-standalone-package-powerful-data-exploring-tools

Dizi Benzerliği Arama Uygulamaları

Veritabanı Bilgi Erişim Bağlantısı
NCBI BLAST+ Protein dizisi veritabanları için hızlı yerel benzerlik arama aracıdır. Novel dizilerin yapısı ve işlevi hakkında fonksiyonel ve evrimsel ipucu verecek dizi benzerlik bölgelerinin bulunmasında kullanılmaktadır. https://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/ncbiBlast
FASTA FASTA nükleotid ya da protein veritabanlarını bir sorgu dizisiyle aramak için kullanılan bir program paketidir. https://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/fasta
)
(

Protein ve Genom Veritabanları

Veritabanı Adı Açıklama Erişim Bağlantısı
Protein Veritabanları
  • Proteinlerin 3 boyutlu yapıları hakkında bilgi verir.
  • Proteinlerin işlevleri ve özelliklerini inceler.
Genom Tarayıcıları
  • Organizmaların tüm genomlarını ve kromozom haritalarını görüntüler.
  • Genom dizileri hakkında bilgi sağlar.
)
(

Durum Varsayımı Dönüştürme

Veritabanı Bilgi Erişim Bağlantısı
EMBOSS Protein ve nükleotit dizileriyle ilgili çeşitli dönüştürme işlemleri yapar. (Örn: FASTA formatına çevirme, ters çevirme) https://www.ebi.ac.uk/Tools/emboss
EMBOSS backtranseq Kodon kullanım frekanslarını kullanarak bir protein dizisini nükleotid dizisine geri çevirmek için kullanılan araçtır. https://www.ebi.ac.uk/Tools/emboss
EMBOSS cpgplot Nükleotid dizilerindeki potansiyel CG adalarının tanımlanmasında kullanılır. https://www.ebi.ac.uk/Tools/seqstats/emboss_cpgplot
EFO (Experimental Factor Ontology) EFO, EBI veritabanlarında ve GWAS katalogu gibi projelerde bulunan çok sayıda deneysel değişkenin sistematik bir tanımını sağlar. https://www.ebi.ac.uk/efo
HAVANA (Human and Vertebrate Analysis and Annotation) İngiltere'deki Wellcome Trust Sanger Enstitüsü'nün HAVANA grubu, VEGA tarayıcısında görünen insan, fare, zebra balığı ve diğer omurgal genomlarının manuel anotasyonunu sağlamaktadır. https://www.sanger.ac.uk/projects/manual-annotation
Reactome Yolak bilgilerinin görselleştirilerek sunulduğu açık kaynaklı ve hakemli bir veritabanıdır. https://reactome.org
KEGG Moleküler etkileşim ağlarını gösteren yolak haritalarını içerir. https://www.genome.jp/kegg/pathway.html
)
(

Çoklu Dizi Hizalama Araçları

Araç Adı Açıklama Erişim Bağlantısı
BLAST Protein, nükleotid veya protein dizileriyle karşılaştırma ve eşleşmelerin istatistiksel olarak önemsizliğini hesaplar. https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
CLUSTAL OMEGA DNA ve protein dizilerinin çoklu dizi hizalamasında kullanılan araştırma aracı. https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo
KALIGN Binlerce protein veya nükleotid dizisini hizalayabilen çoklu dizi hizalama programı.
T-COFFEE Birden çok hizalama yöntemiyle elde edilen sonuçların birleştirilmesini sağlar. https://tcoffee.crg.eu/apps/tcoffee
MAFFT Aminoasit veya nükleotid dizilerinin çoklu dizi hizalamalarını yüksek hızda gerçekleştirebilen bir programdır. https://mafft.cbrc.jp/alignment/server
LALIGN Protein veya nükleotid dizilerindeki kesişmeyen yerel hizalamalarının hesaplanmasıyla duplikasyonların bulunmasını sağlar. https://fastademo.bioch.virginia.edu/fasta_www2/fasta_www.cgi?im=lalign
PIR SEARCH Genomik ve proteomik araştırmalar için tasarlanmış bir protein bilgi kaynağıdır. https://fermi.utmb.edu/cgi-bin/SDAP/sdap_10?dB_Type=0&allid=18&seqid=15&serverid=4
MUSCLE Protein ve nükleotid dizileri için çoklu hizalama aracıdır. https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle

Veri Formatı Dönüştürme Servisleri

Araç Açıklama Erişim Bağlantısı
Readseq Belirli bir dizi formatını, dizi analizinde veya filogenetik analizde kullanılan yaygın dizi formatlarından herhangi birine dönüştürmek için kullanılan web tabanlı dizi dosyası biçimlendirme aracıdır. https://www.ebi.ac.uk/Tools/sfc/readseq
Segret (EMBOSS) Dizi formatı dönüştürme aracıdır. DNA, RNA veya protein dizilerini desteklenen dizi formatlarına (FASTA, EMBL, PDB, GENBANK, REFSEQ, FASTA, ACE, GFF, Ensembl SQL gibi) dönüştürür. https://www.ebi.ac.uk/Tools/sfc/emboss_seqret
EMBOSS backtranambig Bir protein dizisinin belirsiz nükleotid dizisine geri çevrilmesi için kullanılan araçtır. https://www.ebi.ac.uk/Tools/su/emboss_backtranambig
EMBOSS backtranseq Kodon frekanslarını kullanarak bir protein dizisini nükleotid dizisine geri çevrilmesi için kullanılan araçtır. https://www.ebi.ac.uk/Tools/su/emboss_backtranseq
EMBOSS cpgplot Nükleotid dizilerindeki potansiyel CpG adalarının tanımlanmasında kullanılır. https://www.ebi.ac.uk/Tools/seqstats/emboss_cpgplot

Anotasyon ve Tahmin Araçları

Veritabanı Bilgi Erişim Bağlantısı
EFO (Experimental Factor Ontology) EFO, EBI veritabanlarında ve GWAS katalogu gibi projelerde bulunan birçok deneysel değişkenin sistematik bir tanımını sağlar. https://www.ebi.ac.uk/efo
HAVANA (Human and Vertebrate Analysis and Annotation) İngiltere'deki Wellcome Trust Sanger Enstitüsü'nün HAVANA grubu, VEGA tarayıcısında görünen insan, fare, zebra balığı ve diğer omurgalı genomlarının manuel anotasyonunu sağlamaktadır. https://www.sanger.ac.uk/project/manual-annotation

Yolak Haritalama ve Moleküler Etkileşim Veritabanları

Veritabanı Bilgi Erişim Bağlantısı
Reactome Yolak bilgilerinin görselleştirilerek sunulduğu açık kaynaklı ve hakemli bir veritabanıdır. https://reactome.org
KEGG Moleküler etkileşim ağlarını gösteren yolak haritalarını içerir. https://www.genome.jp/kegg/pathway.html
)
(

Yazılımlar

Yazılım Bilgi Erişim Bağlantısı
PHYLIP (Phylogeny Inference Package) Parsimoni, mesafe matrisi, benzerlik ve olasılık yöntemleri gibi çok sayıda farklı çözümleme yapabilen filogenetik bir analiz paketidir. DNA ve protein dizileri, gen dizileri, kesim bölgeleri, uzaklık matrisler gibi farklı veri tiplerini içerir. https://evolution.genetics.washington.edu/pbylip.html
ADMIXtools Popülasyon genetiği analizleri için kullanılan R temelli yazılımdır. https://github.com/DReichl/AdmixTools
HyPhy (Hypothesis Testing Using Phylogenies) Filogenetik, moleküler evrim ve makine öğrenimi tekniklerini kullanarak genetik dizi analizlerine olanak sağlayan açık kaynaklı bir yazılım paketidir. https://www.hyphy.org
MEGA MEGA, organizmaların moleküler düzeyde evrimsel analizi için sıklıkla kullanılan bir yazılım paketidir. Evrimsel analizler için çeşitli yöntem ve programlan içerir. https://www.megasoftware.net
PALEOMIX aDNA çalışmalarında yeni nesil dizileme verilerinin işlenmesinde ve filogenetik haritaların oluşturulmasında kullanılır. https://paleomix.readthedocs.io/en/stable
Wasabi Wasabi, evrimsel dizi çözümlemesi ve görselleştirme için kullanılan açık kaynaklı, web tabanlı bir grafik ortamıdır. Filogenetik içeriklerde çoklu dizi hizalamalarıyla çalışmak üzere tasarlanmıştır. http://wasabiapp.org
MapDamage2 Antik DNA dizilim platformları tarafından üretilen verilerde DNA hasarlarını belirlemek için kullanılır. https://github.com/ginolhac/mapDamage
BEAST 2 BEAST 2 (Bayesian Evolutionary Analysis by Sampling Trees) zaman ağaçları oluşturmak için kullanılır. https://www.beast2.org
Eve Herhangi bir evrimsel modelin denenmesi için kullanılır ve genom dizilim verilerini kullanarak evrimsel hipotezleri test eder. https://github.com/simonhmartin/Eve
MFvol.db v1.0 Python için ilk moleküler evrim kütüphanesidir. https://zenodo.org/record/7261487#.ZCqLqXJBy5c
PMDtools Antik DNA'ya ait hasar modellerinin hesaplanması ve modern DNA kontaminasyonunun belirlenmesi için kullanılır. https://github.com/pontussk/PMDtools
Gargammel aDNA simülatörüdür. Bilinen referanslardan yola çıkarak antik DNA'yı (aDNA) simüle etmede kullanılır. https://grenaud.github.io/gargammel
ATLAS Mikrobiyal genomik, filogenetik ve moleküler evrimsel çözümlemelerde kullanılan bir araçtır. https://github.com/stjohn/atlas
DAMBE Mitokondriyal DNA verilerinden yararlanarak kontaminasyon tahmini yapılmasını sağlar. http://dambe.abcc.nu
Schmutzi DNA ve protein hizalamaları için en uygun evrim modelini seçmek için kullanılan araçtır.
ModelTest-NG Yeni kuşak dizileme verilerinin çözümlemesinde ve popülasyon genetiği yaklaşımıyla varyant tanımlamada kullanılan yazılımdır. https://github.com/dsupple/modeltest-ng
ANGSD Tür ya da popülasyon düzeyinde çoklu genom hizalamalarının evrimsel çözümlemesinde kullanılır. http://www.popgen.dk/angsd/index.php/ANGSD
POPBAM Antik ve modern DNA örneklerinde heterozigotluk tahmini için kullanılır. https://github.com/Bioinformatics/Archive/POPBAM
ROHan Dışkı materyalinden antik DNA ve mikrobiyom çözümlemeleri sağlar. http://grenaud.github.io/ROHan
repcold Protein kodlayan dizilerin, değişken bölgelerin ya da dN/dS oranlarındaki değişiklikleri dizi evrimini belirlemeye yardımcı olan yazılım aracıdır. https://github.com/nf-core/repcold
POSE Birlikte evrim ("co-evolution") araştırması için geliştirilen bir simülatördür. https://github.com/CDCgov/POSE
ACES https://bioinformatics.org/ices
RASP4 Filogenetik ilişkilerin analizi ve filogenetik ağaçların oluşturulmasında kullanılan bir yazılımdır. http://mnh.scu.edu.cn/soft/blog/RASP
HomoplasyFinder Homoplasi olarak benzerliğin gibi filogenetik sinyalleri tespit eden bir yazılımdır. https://josephryanp.github.io/ryanlab-projects/homoplasyfinder
CAPRI Filogenetik ilişkilerini ve seçimini çözümlemeye yarayan, evrimsel ilişkilerin araştırılmasını sağlayan bir yazılımdır. https://github.com/BacSysMe/Caprib
PSITE Filogenetik ilişkileri kullanarak tümör evriminin simüle edilmesini sağlar. https://github.com/hchyang/PSITE
DICE Modern veya ilkel insanlardan alınan eski DNA (aDNA) örneklerindeki hata oranlarını, demografik parametreleri ve günümüz bireylerinden kaynaklanan bulaşma oranlarını öngörmede kullanılan bir yazılımdır. https://github.com/grenaud/dice
EvoLSTM İçeri bazlı diz evriminde makine öğrenmesi temelli olasılık modelleri sunar. https://github.com/DongjoonLim/EvoLSTM
HOPS Antik metagenomik verilerin taksonomik profillendirmesinde kullanılır. https://github.com/rhuebler/HOPS
DamMet aDNA örneklerinin incelenmesiyle antik metilomların haritalanmasını sağlayan olasılıksal bir model sunar. https://github.com/KHanghoj/DamMet
SourceTracker Metagenomik çalışmalarda, mikrobiyal toplulukların kaynağını tahmin etmek için tasarlanmış bir yazılım aracıdır. https://github.com/danknights/sourcetracker
)