DNA ve DİZİLEME YÖNTEMLERİ
DNA ve DİZİLEME YÖNTEMLERİ ayrı olmalarının yanısıra birlikte de düşünülebilir/kullanılabilir!
DNA || DİZİLEME YÖNTEMLERİ birbirine koşuttur/paraleldir.
DNA <> DİZİLEME YÖNTEMLERİ birbiriyle doğrudan/dolaylı ilişkilidir.
DNA > DİZİLEME YÖNTEMLERİ yönelimlidir.
Sözcük Ağacı Görünümü
Sözcükler:
DNA
DİZİLEME YÖNTEMLERİ
Bağlaç Açıklamaları:
İle
Ve
Değil
Yerine
Paralel
›‹
Karşıt
← İçe
→ Dışa
Ya da
(
DNA Dizileme Yöntemleri
| Yöntem |
İlke |
Nasıl Çalışır? |
Artıları |
Eksileri |
Sanger Dizileme
(1977)(Frederick Sanger ve takımı) |
Zincir sonlandırma yöntemi; dideoksinükleotidlerin kullanımı ile DNA sentezinin durdurulması. |
- Tek zincirli bir DNA molekülü çoğaltılır.
- DNA polimeraz enzimi, nükleotidleri diziyi tamamlamak için ekler.
- Dideoksinükleotidler (ddNTPs), DNA sentezini durdurur ve farklı uzunluklarda DNA parçaları oluşur.
- Parçalar jel elektroforezi ya da kapiler elektroforez ile ayrıştırılır.
- Parçaların boyutuna göre dizilim belirlenir.
|
- Yüksek doğruluk.
- Uzun okuma uzunluğu (~800-1000 baz çifti).
- Küçük ölçekli projeler için ideal.
|
- Yavaş ve maliyetli.
- Büyük ölçekli genom projelerine uygun değil.
|
| Illumina Dizileme |
Reversible terminator yöntemi; flüoresan işaretli nükleotidlerin eklenmesi ve kamera ile sinyal kaydı. |
- DNA küçük parçalara bölünür ve adaptörler eklenir.
- Parçalar cam yüzeyde çoğaltılır (klonal amplifikasyon).
- Flüoresan işaretli nükleotidler sırayla eklenir ve her adımda kamera ile sinyal kaydedilir.
|
- Yüksek doğruluk.
- Yüksek veri çıktısı.
- Genom ölçekli dizileme için uygun.
|
- Kısa okuma uzunluğu (~150-300 baz çifti).
- Veri çözümlemesi için güçlü yazılımlar gerekir.
|
| PacBio (SMRT) Dizileme |
Tek molekül üzerinden gerçek zamanlı dizileme; flüoresan işaretli nükleotidlerin polimeraz etkinliğiyle izlenmesi. |
- DNA polimeraz, DNA'yı doğal ortamında kopyalar.
- Flüoresan işaretli nükleotidler kullanılır.
- Okuma, polimeraz etkinliğinin anında kaydedilmesiyle yapılır.
|
- Uzun okuma uzunluğu (~10-15 kilobaz ya da daha fazla).
- Epigenetik modifikasyonların doğrudan tespiti.
|
- Yüksek hata oranı (biyoinformatik düzeltme gereklidir).
- Maliyetlidir.
|
| Oxford Nanopore Dizileme |
DNA'nın nanoporlardan geçirilmesi sırasında elektriksel sinyal değişikliklerinin kaydedilmesi. |
- DNA molekülü nanopordan geçerken her baz farklı bir elektrik sinyali üretir.
- Sinyaller çözümlenerek dizilim oluşturulur.
|
- Çok uzun okuma uzunlukları (milyon baz çiftine kadar).
- Taşınabilir araçlarla hızlı dizileme.
- Gerçek zamanlı çözümleme olanağı.
|
- Daha düşük doğruluk (öğrenme algoritmaları ile düzeltilir).
- Yüksek başlangıç maliyeti.
|
Sanger Dizileme ve Yeni Kuşak Dizileme Karşılaştırması
| Özellik |
Sanger Dizileme |
Yeni Kuşak Dizileme (NGS) |
| Hız |
Yavaş |
Çok hızlı |
| Doğruluk |
Yüksek |
Yüksek (bazı platformlarda daha düşük olabilir) |
| Okuma Uzunluğu |
~800-1000 baz çifti |
~150-15.000+ baz çifti (platforma bağlı) |
| Kapasite |
Küçük ölçekli projeler için uygun |
Tüm genom projeleri için uygun |
| Maliyet |
Büyük projeler için daha yüksek maliyet |
Büyük projelerde daha düşük maliyet |
| Kullanım Alanı |
Gen doğrulama, küçük gen bölgeleri |
Genomik çözümleme, transkriptom, epigenom |
)
(1996'dan beri)
Henüz yorum eklenmemiş. İlk yorumu siz ekleyebilirsiniz.