(
)
Moleküler Evrimde Kullanılan Dirimbilisel(Biyoenformatik) Araçlar
Nükleotid Dizi Veritabanları
| Veritabanı | Bilgi | Erişim Bağlantısı |
|---|---|---|
| NCBI | NCBI, biyoteknoloji ve biyotıp ile ilgili bir dizi veritabanı içerir. Biyoenformatik araçları ve hizmetleri için önemli bir kaynaktır. | https://www.ncbi.nlm.nih.gov |
| EMBL | Avrupa Moleküler Biyoloji Laboratuvarı (EMBL) Nükleotid Dizisi Veritabanı, Avrupa Biyoenformatik Enstitüsü'nde (EBI) tutulan kapsamlı bir birincil nükleotid dizileri koleksiyonudur. Veriler, genom dizileme merkezlerinden, bireysel bilim insanlarından ve patent ofislerinden alınır. | https://www.embl.org |
| DDBJ | DDBJ (DNA Databank of Japan) Japonya Bilgi Biyolojisi Merkezi tarafından organize bir birincil nükleotid dizi veritabanıdır. | https://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html |
| GenBank | NCBI’nin birincil veritabanları arasındadır. Farklı kaynaklardan toplanan nükleotid ve aminoasit dizi koleksiyonlarını içerir. Bu veritabanı, belli bir dizi bilgisini türünün aranmasını ve kullanımını kolaylaştırmak için dizi bilgilerini farklı biçimlerde düzenlemeye izin veren biçimde kategorize edilmiştir. | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank |
| OMIM | OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man Database) insanda tanımlanan genlerin ve genetik hastalıklarla ilgili fenotipleri içeren kapsamlı bir veritabanıdır. | https://www.omim.org |
| Entrez Moleküler Dizi Veritabanı | Entrez, nükleotid ve protein dizisi verilerine, gen merkezi ve genomik haritalama bilgilerine, 3D yapı verilerine, PubMed MEDLINE’a ve daha fazlasına entegrasyon sağlayan bir moleküler biyoloji veri tabanı sistemidir. | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Search/entrezfs.html |
| Homologene | Tamamı dizilenmiş ökaryotik genomlarda anotasyonu tamamlanmış genlerin diğer organizmalardaki homologlarının otomatik olarak bulunmasını sağlayan bir araçtır. | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/homologene |
| NCBI RefSeq | Genomik DNA, transkriptler ve protein dizi setlerini içeren ve tekrar olmayan, entegre ve kapsamlı dizi koleksiyonunu içeren bir veritabanıdır. | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq |
Protein Veritabanları
| Veritabanı | Bilgi | Erişim Bağlantısı |
|---|---|---|
| UniProt/Swiss-Prot | Protein dizi ve işlev bilgilerine erişim sağlayan bir veritabanıdır. Proteinleri ailelere, domenlere ve korunmuş bölgelere göre sınıflandırarak işlevsel analizini sağlayan veritabanıdır. | https://www.uniprot.org |
| InterPro | Hangi genlerin/proteinlerin hangi kategoriler altında ifade edildiğini ve ekspresyonlarının hangi koşullarda farklılık gösterdiğini gösteren veritabanıdır. | https://www.ebi.ac.uk/interpro/home |
| Expression Atlas | Kütle spektrometresiyle belirlenmiş protein ekspresyon verilerinden oluşan bir arşivdir. | https://www.ebi.ac.uk/pride |
Genom Tarayıcıları
| Veritabanı | Bilgi | Erişim Bağlantısı |
|---|---|---|
| Genome Data Viewer (GDV) | Harita Görüntüleyici, organizmaların tüm genomlarının ve kromozom haritalarının görüntülenmesini sağlar. | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv |
| Ensembl | Referans genom anotasyonlarına erişim sağlayan bir genom tarayıcısı, API ve veritabanıdır. | https://www.ensembl.org |
| UCSC Genome Browser | UCSC (University of California Santa Cruz) Genom Browser genom dizi bilgilerini içeren bir veritabanıdır. | |
| VEGA Genome Browser | VEGA (Vertebrate Genome Annotation) genom tarayıcısı Ensembl veritabanı üzerine kurulmuştur. Ensembl ve VEGA arasındaki fark, Ensembl'in çok sayıda omurgalı ve omurgasız türü için hesaplamalı olarak seçilmiş ("computationally curated") dizilerin görüntülenebilmesi, VEGA veritabanının ise dizilemesi tamamlanan omurgalı genomik dizilerinin yüksek kaliteli manuel anotasyonlarını içermesidir. | http://vega.archive.ensembl.org |
FaRkLaR Kılavuzu
27 Aralık 2024 | 11:28
(
)
Gen Ekspresyon Veritabanları
| Veritabanı | Bilgi | Erişim Bağlantısı |
|---|---|---|
| Gene Expression Omnibus (GEO) Database | GEO, MIAME (Minimum Information About a Microarray Experiment) uyumlu mikro dizi verilerini, yeni nesil dizileme verilerini ve bilimsel topluluk tarafından sunulan diğer yüksek verimli fonksiyonel genomik veri biçimlerini arşivleyen ve serbestçe dağıtan halka açık bir veritabanıdır. | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo |
| ArrayTrack Database | ABD Gıda ve İlaç İdaresi’nde mikroarray gen ekspresyon verilerinin halka açık bir veritabanıdır. ArrayTrack, mikroarray gen ekspresyonu verilerini ve farmakogenomik ya da toksikogenomik çalışmalarla ilişkili deneysel parametreleri yönetmek, analiz etmek ve yorumlamak için entegre bir çözüm sunmaktadır. İlaçların ya da diğer kimyasalların gen ekspresyonu üzerindeki etkileri üzerine çalışmalar için uygundur. ArrayTrack, MIAME uyumlu verileri desteklemektedir. | https://www.fda.gov/science-research/bioinformatics-tools/arraytrack-hca-pca-standalone-package-powerful-data-exploring-tools |
Dizi Benzerliği Arama Uygulamaları
| Veritabanı | Bilgi | Erişim Bağlantısı |
|---|---|---|
| NCBI BLAST+ | Protein dizisi veritabanları için hızlı yerel benzerlik arama aracıdır. Novel dizilerin yapısı ve işlevi hakkında fonksiyonel ve evrimsel ipucu verecek dizi benzerlik bölgelerinin bulunmasında kullanılmaktadır. | https://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/ncbiBlast |
| FASTA | FASTA nükleotid ya da protein veritabanlarını bir sorgu dizisiyle aramak için kullanılan bir program paketidir. | https://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/fasta |
FaRkLaR Kılavuzu
27 Aralık 2024 | 11:32
🔒 Daha fazla açıklama görebilmek için üyelik gerekiyor...
Bu sayfada toplam 6 açıklama bulunuyor. Konuk olarak bunların yalnızca ikisini, ücretsiz üyelik ile 6'sını ve ücretli üyelik ile tamamını görebiliyorsunuz.
Daha fazlasını görmek için üye girişi yapabilir ya da üye olabilirsiniz.
Henüz yorum eklenmemiş. İlk yorumu siz ekleyebilirsiniz...